Зверобой считался одним из 12 священных (магических) растений Ордена Розы и Креста (ордена Розенкрейцеров, основанного эзотериком Христианом Розенкрейцером в эпоху Средневековой Германии на рубеже 16-17 в.в.), поэтому не зря зверобою приписывают еще и магические свойства. Каждое из растений соответствовало знаку Зодиака, так, зверобой был растением Стрельца: розенкрейцеры считали, что ношение на себе зверобоя защищает от порчи, а помещенный под порогом дома или над входной дверью, зверобой не позволит войти в дом человеку с дурными намерениями. С верой в то, что зверобой защитит домашний скот от падежа, а у коров увеличит удой, ветку зверобоя подвешивали в сарай. Розенкрейцеры использовали зверобой для взбадривания, считая, что трава разжигает в крови огонь и оберегает от злых духов.

У христиан существует немало легенд, связывающих траву зверобоя с религией, образом Христа и Иоанна Крестителя. По одной из них, жена Ирода Иродиада возненавидела Крестителя за то, что Иоанн открыто обвинил Ирода в прелюбодеянии: царь не должен был жениться на жене своего брата. Она настраивала царя Галилеи Ирода против пророка. Но царь Ирод остерегался посягать на жизнь святого из-за собственной веры в его святость, а также потому, что верящий в пророка народ Галилеи мог обрушить на Ирода свой гнев.

Однажды Ирод справлял свой день рождения, и по этому поводу устроил грандиозный пир, собрав все свое окружение. На пиру для придворных дочь Иродиады Саломея должна была развлекать гостей танцами. Представив гостям царя восхитительное выступление, Саломея произвела настоящий фурор. Царь Ирод был так восторжен и растроган, что вызвался исполнить любое желание падчерицы-танцовщицы. Мать девушки Иродиада тут же повелела дочери попросить голову Иоанна Крестителя. Царь был недоволен, но не мог не сдержать слово, данное при таком количестве придворных свидетелей. Ирод был вынужден послать палача с приказом принести голову пророка на блюде. Когда палач нес голову святого во дворец, по земле падали капли крови. На месте капель прорастала трава зверобоя. Именно этой легендой и объясняют люди появление из цветов при растирании лепестков красного сока - считается, что растение впитало в себя кровь Иоанна. За эту легенду зверобой часто называют Ивановой (Иоанновой) травой. Может быть неслучайно эта «солнечная» трава начинает цвести в день летнего солнцестояния, а собирают зверобой с лекарственной целью на Иванов день - праздник Ивана купала. Хотя зверобой продолжает цвести все лето до самой осени.

В Древней Руси на Иванов день по цветку зверобоя юноши и девушки гадали о любви: растирали между пальцами цветок зверобоя и смотрели на цвет сока, загадав о любимом (любимой). Если сок оказывался бесцветным, значит взаимности нет, если выделялся красный сок - значит любовь взаимная. 24 Июня - в рождество Иоанна - незамужние девушки использовали зверобой в ворожбе и гадании на любовь, ранним утром рвали цвет зверобоя и на ночь укладывали под подушку. Этот ритуал позволял увидеть во сне своего суженого. Если Иоаннова трава покажет девушке во сне парня, то она выйдет замуж в этом году, если не увидит во сне, то останется холостой до следующего года.

Валлийцы (британцы) при помощи зверобоя гадали о продолжительности жизни: каждый член семьи срывал веточку зверобоя, на ночь ее подвешивали под навес, а утром по степени увядания сравнивали между собой, судя о том, кто дольше проживет. Во времена Вальтера Скотта зверобой считался травой, способной обезоружить ведьм, лишить их воли, это верование нашло отражение в его произведении «The Nativity Chant».

Зверобой в этот праздник являлся символом света и добра. Перепрыгивая через костер, молодежь обязательно должна была надеть венок с вплетенным зверобоем, чтобы защитить себя от злых духов, очиститься. Зверобой у христиан считался средством от тоски и печали. Цветы и плоды зверобоя клали в детские матрасики, чтобы защитить младенцев от испуга во сне. Зверобой считали панацеей от всех болезней и даже сложилась народная поговорка «Как нельзя без муки испечь хлеб, так нельзя без зверобоя лечить болезни».

Религиозные верующие считают зверобой травой, возникшей от крови распятого Христа, из-за чего трава и наделена лечебной силой. Есть легенда о том, отчего у зверобоя обыкновенного (продырявленного) на листочках на просвет видны точки. Якобы Богородица замесила хлеб, а когда вымыла руки - с них упали капли и на листочках зверобоя появились «брызги» солнечного света.

В Древнем Риме Гиппократ отмечал еще в 5-4 в. до н.э лекарственные свойства зверобоя при укусах скорпионов и змей, способность снимать спазмы при месячных, лечить депрессии и меланхолии, заживлять раны, обезболивать радикулит. Плиний Старший отмечал свойства зверобоя помогать при диарее и служить мочегонным средством, Гален и Диоскорид рекомендовали зверобой для заживления ран и при нарушении менструального цикла, Диоскорид первым отметил, что зверобой помогает при лечении ожогов. Авицена рекомендовал пить отвар зверобоя в вине при воспалении седалищного нерва. Парацельс предположил, что зверобой более эффективен в лечении ран, если собирать его цветы и наставить несколько дней на солнце на оливковом масле. Он писал, что поры в листьях означают, что трава помогает залечивать всякие язвы и раны на коже, а кровавый сок из цветов и листьев - признак того, что зверобой может употребляться и внутрь. Но чаще древние использовали зверобой в духовных обрядах и ритуалах. А в эпоху инквизиции перед сжиганием ведьм на костре, чтобы они признали свою вину, в рот им клали веточки зверобоя. Зверобой в древние времена считался травой экзорцистов для изгнания злых духов, вероятнее всего, уже тогда люди опытным путем обнаружили особенности растения помогать при расстройствах психики.